シンプルで扱いやすく、派手さはない分堅実に資産を増やしていける金融資産ではありますが、当然リスクもあります。
価格乖離リスク
ETFの価格乖離とは、ETFのリターンと基準となる指数や資産との差のことである。
したがって、価格乖離がゼロでない場合は、ETF目論見書に記載されている基準を再現することができなかったことを意味する。
価格乖離は、ETF の実勢価格と参照指標の価格に基づいて計算されます。
これは、ETFの基準価額（1日1回のみ更新）と市場価格との差額であるプレミアム/ディスカウントとは異なります。
ETFの提供者が原指数の完全な複製以外の戦略を使用している場合には、価格乖離がより顕著になります。
最も流動性の高い株式ETFの中には、原指数も十分に流動性があり、フルレプリケーションが可能であるため、トラッキング・パフォーマンスが良好なものもある。
一方、コモディティETFやそのレバレッジETFのように、現物資産を容易に保管できなかったり、レバレッジをかけたエクスポージャーの作成に利用できなかったり、参照資産や指数が非流動的であったりするため、必ずしもフルレプリケーションを採用していないETFもある。
また、先物ベースのETFは、VIX先物市場に見られるように、負のロールイールドに悩まされることもある。
最も一般的なETFでは価格乖離は存在しないが、2008年後半や2009年のような市場の乱高下時やフラッシュ・クラッシュ時には、特に外国株式や新興市場株、先物契約に基づく商品指数、高利回り債券に投資するETFにおいて価格乖離が発生している。
2008 年 11 月の市場の混乱期には、一部の軽易な ETF の乖離率が 5%以上となることが頻発し、一部では 10%を超えるケースもあったが、これらのニッチな ETF であっても平均乖離率は 1%強にとどまっていた。
モルガン・スタンレーによれば、2009 年の ETF の目標乖離率は平均 1.25％ポイントで、2008 年の平均 0.52％ポイントの 2 倍以上となっている。
流動性リスク
ETFの流動性は多岐にわたります。
最も人気のあるETFは常に取引されており、1日に数千万株が手を変えて取引されているものもあれば、数日取引されていないものでも、たまにしか取引されていないものもあります。
また、あまり頻繁に取引されないファンドもたくさんあります。
最もアクティブなETFは非常に流動性が高く、取引量が多く、スプレッドが狭いため、一日中価格が変動します。
これは、ある日のすべての売買が取引終了時に同じ価格で執行される投資信託とは対照的です。
2010年のフラッシュ・クラッシュを受けて、ETFをはじめとする株式やオプションの価格が乱高下し、商品先物取引委員会（CFTC）の調査では、金融市場史上最も激動の時期の一つと評されたことから、ETFにシステミック・ストレスへの対応を義務付けるための新たな規制が導入された。
このような規制は、2015年8月24日に発生したフラッシュ・クラッシュでは、投資家を保護するには不十分であったことが判明しました。
モーニングスター社のアナリストは2015年12月、「ETFは『恐慌時代の法律』に支配された『デジタル時代の技術』である」と主張しました。
合成ETFのリスク
有価証券を保有せず、デリバティブやスワップを使用してインデックスを追跡するものを指します。
この合成ETFは、商品の透明性の欠如や複雑さの増大、利益相反、規制遵守の欠如などの理由で懸念が提起されている。
カウンターパーティリスク
合成ETFは、カウンターパーティーがインデックスのリターンと一致するように契約上の義務を負っているため、カウンターパーティーリスクがあります。
取引は、スワップのカウンターパーティーが担保を提供することで行われます。
潜在的な危険性としては、ETFを提供する投資銀行が自ら担保を提供する可能性があり、その担保が質の悪いものである可能性がある。
また、投資銀行が自社のトレーディングデスクをカウンターパーティーとして利用する可能性もある。
このような設定は、欧州のガイドラインである Undertakings for Collective Investment in Transferable Securities Directive 2009 (UCITS)では認められていない。
また、ETFが証券貸借やトータル・リターン・スワップを行う場合にも、カウンターパーティー・リスクが存在します。
価格安定性への影響
ETFによる商品の売買は、そのような商品の価格に大きな影響を与える可能性があります。
国際通貨基金によれば、「一部の市場関係者は、上場投資信託（ETF）の人気の高まりが一部の新興国の株価上昇に寄与している可能性があると考えており、ETFに組み込まれたレバレッジは、株価が長期的に下落した場合、金融安定性のリスクをもたらす可能性があると警告している」とのことである。
一部の評論家は、2007年から2009年にかけての米国の弱気相場に貢献した空売りと連動したように、ETFは市場価格を操作するために使用される可能性がある、と主張している。